L’Assemblée Générale réunit toutes les associations membres de la FEMED et a lieu tous les trois ans.
A cette occasion, les rapports moraux et financiers de la FEMED sont présentés et soumis à l’adoption des membres. C’est également lors de l’Assemblée Générale que sont présentées et les demandes d’adhésion de nouvelles organisations. De même, des travaux en groupe sous régionaux sont organisés afin de mettre en place des projets communs entre les différentes associations membres à une échelle sous-régionale. Enfin, cet évènement permet de resserrer les liens entre les associations membres de la Fédération et d’adopter le plan d’action biennal de la FEMED.
L’Assemblée Générale de la FEMED s’est réunie deux fois depuis la création de la FEMED :