La FEMED conduit plusieurs missions de plaidoyer au niveau national et international.
Lors de ses missions, la FEMED va à la rencontre de représentants d’organisations internationales : Comité des Nations Unies contre les disparitions forcées, Groupe de Travail sur les disparitions forcées et involontaires, des Rapporteurs Spéciaux sur la torture, sur la liberté d’expression, sur la liberté d’association etc. La FEMED va aussi au contact des institutions européennes comme l'Union Européenne ou encore le Conseil de l'Europe.
Ces rencontres sont aussi le moyen pour la FEMED de discuter avec les ambassades dans des villes ciblées afin de provoquer un changement de politique vis à vis des disparitions forcées. Ses réunions permettent aussi de tisser des liens avec les ONG sur place pour construire un véritable réseau autour des disparitions forcées.
Les missions de plaidoyer ont pour objectif de présenter la FEMED et ses associations membres. En effet, la FEMED s'efforce d'associer ses associations membres à ses déplacements pour sensibiliser sur les situations précises et inquiétantes qui se déroulent sur ses territoires. La réalité des disparitions forcées dans la région mérite d'être mise en lumière. De plus, ses rapprochent sont aussi l'occasion de mener des discussions sur les mesures à prendre pour lutter contre les disparitions forcées et de promouvoir la ratification universelle de la convention internationale pour la protection de toutes les personnes contre les disparitions forcées.