Du 7 au 11 Février 2000 à Paris, Genève et Bruxelles, la première rencontre Euro-méditerranéenne a réunit les familles de disparus et leurs représentants de la région méditerranéenne, les comités de soutien ainsi que les ONG nationales et internationales de défense des droits de l’homme. Cette rencontre a permis de rassembler les voix des victimes et de leurs proches, dans un élan de solidarité et de dénonciation des disparitions forcées qui frappent la région méditerranéenne.

À l'issue de cette rencontre, les participants ont pris conscience de l’importance d'unir leurs efforts pour lutter plus efficacement contre ce fléau. Il est rapidement apparu nécessaire de créer une structure plus vaste et plus organisée, dédiée à la défense des droits des familles de disparu(e)s. C’est ainsi qu’est née la Coalition Euro-méditerranéenne contre les disparitions forcées, officialisée dans le but de renforcer l’impact de leur combat pour la justice et la vérité.

En juin 2005, lors du Forum social méditerranéen (FSMED) organisé à Barcelone, les membres de la Coalition ont constaté la nécessité de formaliser leur alliance. L’objectif était de lui donner une existence légale, car jusqu’alors, la Coalition n’était qu’une structure informelle. Cette étape décisive a eu lieu en mai 2007, avec l’organisation de l’Assemblée constitutive à Beyrouth, au Liban. Cette Assemblée a rassemblé des associations phares de la région, telles que SOLIDA (Soutien aux Libanais détenus arbitrairement), le Centre Libanais des Droits Humains (CLDH), le Collectif des familles de disparus en Algérie (CFDA), SOS Disparus, l’Association des Parents et Amis de Disparus au Maroc (APADM), le Comité de Coordination des familles de disparus du Maroc (CCFDM), ainsi que les Mères pour la Paix de Turquie.

Ce fut à partir de ce moment que la Fédération Euro-méditerranéenne contre les Disparitions Forcées (FEMED) a pris la relève de la Coalition et a été officiellement fondée le 27 mai 2007. Lors de cette Assemblée, les membres ont débattu et adopté des statuts et un règlement intérieur, ont élu un bureau exécutif et un conseil d'administration, afin de structurer et de pérenniser l’action de l’organisation.

Initialement, les membres fondateurs avaient prévu d’installer le siège de la FEMED à Beyrouth. Toutefois, en raison du contexte politique difficile, l’enregistrement de l’organisation au Liban est devenu impossible. En conséquence, le siège a été provisoirement transféré à Paris. C'est ainsi que, depuis le 31 janvier 2008, la FEMED est officiellement enregistrée en France, et poursuit sans relâche sa mission de lutte contre les disparitions forcées dans la région euro(méditerranéenne, en soutenant les familles et en œuvrant pour la reconnaissance des droits des victimes directes et indirectes de ce phénomène qu'est la disparition forcées.